Pero si pasa con los puertos onboard entonces no es el conector de los frontales.
Una solución que encontré en internet es gente que tenía OC, y la tarjeta de video necesitaba conectar un 4 pins adicional a la mother y eso le estaba generando problemas con el USB. O al menos eso entendí.
http://forums.evga.com/tm.aspx?m=923644
Fijate si es eso para descartar cosas. Probá también sacar la tarjeta de video y entrar a windows con video onboard varias veces a ver si te siguen funcionando los puertos.
Puede ser problema de los drivers o de poder. Bajate los ultimos drivers de la motherboard de
acá