Los pros y contra de cada sistema son:

-MAME con Kaillera no skipea frames, pero por el contrario tiene un delay importante y más posibilidades de desync.
-GGPO skipea frames, pero el lag es imperceptible y no hay delay input.

O sea, en GGPO no anda fluido como el arcade, pero eso no afecta el gameplay. Incluso se usa GGPO para realses oficiales, como el de Third Strike Online Edition, MVC Origins, etc.