Al final lo que hice fue agregar los amrcadores con el nitro que se lo pedi prestado a tpb y lo divido con el acrobat que me deja dividir por bookmark y ponerle el nombre del bookmark al archivo.
Esto esta genial ademas porque con clientes con volumen grande de compras me hace un solo archivo porque no hay marcador y no divido por hoja como antes.
Gracias!!
offtopic
El nitro no esta en mac que es mi sistema principal, como por estudios preciso windows tengo una virtual machine en parallelz y uso las apps desde mac incluso asi que no me estresa mucho, pero si alguien supiera uno que haga lo mismo pero sea de mac mejor, o como hacerlo en el mismo acrobat (agregar marcadores principales automaticamente)
Muchas gracias!