Primero que nada quedate tranqui que ta todo ahi. No tenes que entrar desde Linux u otra PC a ver si esta todo, porque efectivamente esta todo.
Anda a la carpeta, propiedades, pestaña seguridad, boton avanzado, hace click donde dice propietario, ahi click donde dice avanzado, y donde dice "Elegir usuario o grupo". Ahi buscas el nombre de tu usuario, le das aceptar a todo para atras, y listo.
Algo asi era. De memoria no me acuerdo. Y siempre uso Windows en ingles, asi que puede que no sea exacto las palabras. Lo que me ha pasado a veces es tener que hacerlo con el usuario Administrador, por mas que tu usuario sea administrador, because windows.
Entrar con un Linux no te arregla nada. Vas a ver los archivos, pero si no le acomodas los permisos a nivel de Windows, tu usuario actual nunca los va a ver.
Yo tengo un script de powershell que lo hace todo solito, si te das maña con eso te lo hace al toque, tenes que ejecutarlo como administrador: