En realidad casi que cada Metal Gear podes jugarlo por separado porque no tienen mucha relación.

MGS Solid - El que todos conocimos (por más que existan los de NES)
MGS 2 - Es unos años después
MGS 3 - Es en el pasado y el principal es el padre de Solid Snake
MGS 4 - Solid Snake es viejo viejo
MGS 5 - Es en el pasado también